Het dorp ligt op een hoogte van ongeveer 220 m en ligt op ongeveer 12 kilometer van de luchthaven. De steden Mili en Ireon liggen in de directe omgeving.
Het dorp Pagondas behoort tot het gemeente district Pythagorion, dat sinds 2001 één van de vier gemeentelijke districten van het eiland Samos is. Sinds de laatste volkstelling in 2001 bedraagt het aantal inwoners slechts 964.
Het dorp is schilderachtig gelegen aan de zuidoostelijke uitlopers van de berg Bournias, waarvan het zuidelijke deel nog steeds tot het Ambelos-gebergte behoort.
Het gebied rond Pagondas was vroeger erg bosrijk, maar de talrijke branden op het eiland hebben hier ook gewoed en de bomenpopulatie gedecimeerd.
In plaats van het bos waren er later olijfplantages, die tegenwoordig een groot deel van het dorpsgebied uitmaken.
Pagondas is een van de belangrijkste producenten van olijfolie op het eiland Samos. Bij de ingang van Pagondas staat een oude fabriek waar de olijven worden geperst en het eindproduct wordt gebotteld. Er worden ook sinaasappels en wijn verbouwd.
